Der Fahrplan der Busse ist zur Zeit nicht mit dem Takt der S-Bahn synchronisiert und möglicherweise auch nicht synchronisierbar. Daher entstehen momentan teilweise erhebliche Wartezeiten beim Umsteigen zwischen Bus und Bahn. Zudem wird von vielen Fahrgästen kritisiert, dass die Kleinbusse auch nicht auf die Züge der S6 warten, selbst wenn diese in Sichtweise einfahren. Der Einsatz von Pendelbussen könnte diese Probleme weitgehend beseitigen. Allerdings müsste der Streckenteil zwischen Harheim und Nieder-Erlenbach von einer anderen Buslinie übernommen werden.